| 明治4年 | 1871年 | 文部省に博物局設置。 |
| 明治5年 | 1872年 | 3月10日湯島聖堂で文部省博物館として最初の博覧会を開催。これをもって博物館の創立・開館とする。同所に近代図書館としての書籍館(しょじゃくかん)をあわせて開館。当時は動物園、植物園を含む総合博物館が構想されていた。 |
| 明治6年 | 1873年 | ウイーン万国博覧会参加のための博覧会事務局に博物館・書籍館が合併し、内山下町(千代田区内幸町)に移転。 |
| 明治7年 | 1874年 | 書籍館を浅草に移転し、浅草文庫と改称、翌年公開。 |
| 明治8年 | 1875年 | 博覧会事務局が内務省の所管となり博物館と改称。 |
| 明治9年 | 1876年 | 上野公園が博物館所管となる。 |
| 明治14年 | 1881年 | 内務省所管から、農商務省所管となる。上野公園内旧寛永寺本坊跡地にコンドル設計の博物館新館(旧本館)が竣工し、第二回内国勧業博覧会で美術館として使用される。新館移転のため内山下町博物館閉館。動物園建設工事に着手。 |
| 明治15年 | 1882年 | 新館(旧本館)開館。付属動物園、浅草文庫とともに一般に公開される。法隆寺献納宝物を収蔵。旧十輪院宝蔵(校倉)を移築。 |
| 明治19年 | 1886年 | 宮内省の所管となる。 |
| 明治22年 | 1889年 | 帝国博物館となる。総長に九鬼隆一、美術部長に岡倉天心が就任。あわせて、帝国京都博物館、帝国奈良博物館を設置。 |
| 明治33年 | 1900年 | 東京帝室博物館と改称。 |
| 明治34年 | 1901年 | 1900年のパリ万国博覧会出品古美術作品による第1回の特別展を開催。「稿本日本帝国美術略史」刊行。 |
| 明治42年 | 1909年 | 皇太子殿下(大正天皇)の御成婚記念として、東宮御慶事奉祝会より献上された表慶館開館。 |
| 大正6年 | 1917年 | 森鴎外、総長に就任。 |
| 大正12年 | 1923年 | 関東大震災で旧本館が損壊。翌年まで休館。 |
| 大正13年 | 1924年 | 皇太子殿下(昭和天皇)の御成婚記念として上野公園・動物園を東京市に下賜。4月表慶館のみで展示を再開。 |
| 大正14年 | 1925年 | 自然史関係の収蔵品を東京博物館(現在の国立科学博物館)等に引き渡す。 |
| 昭和11年 | 1936年 | 応挙館・九条館を裏庭に移築。 |
| 昭和13年 | 1938年 | 帝室博物館復興翼賛会より献上された現在の本館が開館。「日本美術略史」刊行。 |
| 昭和16年 | 1941年 | 戦争被害を避けるため美術品の疎開がはじまる。12月太平洋戦争始まる。 |
| 昭和20年 | 1945年 | 太平洋戦争による空襲激化のため、3月観覧を停止。8月15日太平洋戦争終結。 |
| 昭和21年 | 1946年 | 3月観覧を再開。 |
| 昭和22年 | 1947年 | 宮内省より文部省に移管。国立博物館と改称。 |
| 昭和27年 | 1952年 | 東京国立博物館と改称。 |
| 昭和29年 | 1954年 | 因州池田屋敷表門(黒門)を移築。 |
| 昭和34年 | 1959年 | 春草廬を移築。 |
| 昭和39年 | 1964年 | 法隆寺宝物館(旧館)収蔵庫兼展示施設として開館(毎週木曜日、晴天時のみ公開)。 |
| 昭和43年 | 1968年 | 文化庁の発足により同庁に移管。10月東洋館開館。 |
| 昭和49年 | 1974年 | モナ・リザ展開催。入場者過去最高の151万人を記録。 |
| 昭和59年 | 1984年 | 資料館開館。 |
| 平成11年 | 1999年 | 7月法隆寺宝物館(新館)開館。10月今上陛下御成婚を記念して平成館開館。 |
| 平成13年 | 2001年 | 東京国立博物館、京都国立博物館、奈良国立博物館の3館を統合した独立行政法人国立博物館を設立。 |
| 平成19年 | 2007年 | 東京国立博物館の所属する独立行政法人国立博物館と独立行政法人文化財研究所が統合され「独立行政法人国立文化財機構」が発足。 |