室外展览
东京国立博物馆的馆区内有黑门、校仓等众多历史悠久的建筑物和室外雕刻等，平时都可参观。（仅限开馆日。需持有当天的门票）
黑门（重要文化财）
旧因州池田宅邸的大门，曾是位于原丸之内大名小路（现在的丸之内3丁目）的鸟取藩池田家的江户宅邸的正门。明治时代，被迁移用作当时东宫御所的正门，之后被高松宫邸继承，1954年又迁移至本馆。建造时期不明，但从形式和手法来看应是建造于江户时代末期。屋顶为歇山顶结构，左右两侧设有向唐破风屋顶的卫兵室，在大名宅邸的大门当中可与东京大学的赤门相并称。
黑门开放参观
周六、周日、法定节假日以及1月2日、3日的10:00-16:00开放。
（注）可能会因天气原因而中止开放。
旧十轮院宝藏（校仓）（重要文化财）
曾是奈良元兴寺的别院——十轮院的经藏。1882年5月迁移至本馆，现位于法隆寺宝物馆的旁边。形制为面阔一间的四方小校仓，建于镰仓时代。内部墙面绘有与《大般若经》相关的菩萨和十六善神，可推断该宝藏库中曾经贮藏过《大般若经》。
鬼瓦
此鬼瓦来自于原位于千代田区霞关的筑前福冈藩黑田家的江户宅邸，其特点在于复杂的云纹设计。鬼瓦被置于黑门旁边。
爱德华·詹纳像
发明种牛痘术的英国医生爱德华·詹纳的雕像。1896年为纪念种牛痘术发明100周年，由大日本私立卫生协会委托高村光云的弟子——米原云海创作而成。台座上所嵌的碑文中用汉字刻着“善那”。
森鸥外总长室旧址
博物馆于1882年迁移到上野后，在现在的平成馆及前庭一带建造了许多附属于展示馆的办公楼。统管帝室博物馆的总长的办公室就在这附近，森林太郎（森鸥外）从1917年到1922年去世为止，都作为博物馆的总长在此办公。
朝鲜石像像
守护朝鲜时代王族、两班贵族墓葬的石羊像和文官石像。设置于离正门最近位置的两尊文官像（照片左上）完整保留了较细的长方体石材的形状，一般认为是古式风格。
中国石像
设置于东洋馆玄关的中国狮子像，连同设置于离正门最近位置的朝鲜石像，都是由日本最早生产胶合板的新田爱祐先生捐赠。